CusTupのバックアップ機能を使用するとバックアップファイルはＧＺ形式に圧縮されて保存されます。保存先はデフォルトでCusTupがインストールされているサーバのディレクトリに保存されます。保存先をローカルのコンピュータに指定することもできます。

バックアップ機能には、システム、メール、顧客管理情報をバックアップし、リストア機能で復元することができます。システムを指定すると、システムの設定情報や、ユーザープロファイル、BBSの情報などシステムに関連する情報すべてが保存されます。メールを指定すると、メールのバックアップを共有メールアカウントを指定して選択することができます。顧客情報を選択すると、登録されている顧客情報が保存されます。